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分子生物学分析软件

2.10
  • 软件大小:0.66 MB
  • 更新时间:2019-10-01
  • 星级指数:
  • 软件平台:电脑版
  • 软件语言:简体中文
  • 系统类型:支持32/64位
  • 下载次数:6
  • 安全监测:[无病毒, 正式版, 无插件]
  • 操作系统:WinXP/2000/vista/Win7/Win8/Win10
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软件介绍

      分子生物学分析软件最新版是款界面清晰且操作便捷的文理工具,分子生物学分析软件最新版够进行生物群体聚类分析及相似性分析,分析rflp、rapd等电泳带型,计算遗传距离分析聚类树绘图。

软件特色

      1、相似性和差异性:关联、距离、34个关联系数和11个遗传距离系数。

      2、聚类:UPGMA和其他等级结构的SAHN方法(可以是多重关系)、邻接法和共同树的几种形式。

      3、图论方法:最短长度的生成树和用邻接法绘制图片(可以是无根系统树)。

      4、 排序:主成分或主坐标分析、对应分析、度量与非度量多维尺度分析、奇异值分析和Burnaby方法、典型分布随机分析、方案的多因素分析、常见的主成分分析、偏最小二乘、多关联性和典型相关。

      5、图片互动:表征图、物种树、二维散点图,相似性和差异性矩阵的对比、傅立叶的大纲图、Procrustes绘图和三维视点绘图。

      6、多变量测试:典型变量分析、协方差矩阵测试、维数测试、广义多元回归分析。同时还有辅导程序和模拟实验内容。

      7、几何形态测量:包括Procrustes分析的特殊组件,用于叠加重点结构,绘制Procrutes分析的结果图片,绘制轮廓图片和轮廓形状的傅立叶系数(包括2D和3D椭圆图片)和部分2D和3D的弯曲系数并估算统一部分。

      8、其他:由同表象相关、Mantel测试,3-way Mantel测试,数据标准化和矩阵转化等进行矩阵对比。矩阵可分割或合并。

使用方法

      一、数据的处理

      1、读板

      2、把每一个引物的读板数据用Excel表格排成一列,eg:10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表。

      3、再把上表列成NTSYS能识别的格式,eg:10个材料用satt140读出5个多态性位点应列表――(有带读1、无带读0、缺失读999)。

      注:一般情况下不只是satt140一个引物,而是多个引物,则应该把各个引物的如上数据合成在一个工作簿中,并只保存一个工作表sheet1,输入完毕后,将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘,如下图――(这样就可以用NTSYS-pc分析。

      二、NTSYSpc用法

      1、生成矩阵:在excel按如下规则输入数据,A1=1表示有带记为1,B1=10表示扩增的总条带数,C1=5表示样本数,D1=0表示无带记为0。第二行表示的是样本名称。从第三行开始的A列表示引物名称。

      输入完毕后,将文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盘。并且只能保存sheet1一个工作簿。(注:这里的B1和C1颠倒,应该在qualitative data一步中选by rows)

      2、生成系统树:打开NTSYS-PC程序,点击similarity

      点击input file,打开生成的excel文件,点击out file起一个文件名(假设叫A),然后点击compute按钮。继续点击clustering,再点SHAN。

      点击input file,打开文件A,点击out file起一个文件名(假设叫B),然后点击compute按钮。然后点Graphics,再点tree plot,点击input file,打开文件B,然后点击compute按钮,就会出现聚类图。

      3、生成遗传相似度表:

      点File中的Edit file,打开文件A,再点compute按钮,就会得到遗传相似度表。

      这个软件的功能很强大,但我也只会做聚类图和遗传相似度,如果其他朋友还会使用其它功能,请多交流。

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